研一上学期就听说 GROMACS 了，但一直拖到四月才真正动手。
也不是不想学，就是每次打开文档，看到「分子动力学」四个字就觉得自己得先读完三本教材才配点运行按钮。结果真开始后才发现，屁，直接跑就完了，报错再查比先看理论快十倍。
挑了个软柿子
没敢一上来就搞膜蛋白或者大复合物，选了 Barnase-Barstar 复合物练手。理由特别朴素：结构清楚，PDB 直接下，不大不小，文献多，跑错了也能找到人对答案。
几个坑
水分子名字
TIP3P、TIP4P、SPC/E，这些名字在教材里就是名词，在终端里全是报错。我最后用 amber99sb-ildn.ff 配 tip3p，但 pdb2gmx 死活报氢原子缺失。
折腾半天，发现 PDB 里水叫 HOH，而那个力场版本期望 WAT。改个名字，过了。
盒子太小
第一次盒子设小了，跑完蛋白穿过边界，可视化出来像被撕成两半。吓得我以为体系崩了，其实只是周期性边界条件没处理好。把 dodecahedron 边界从 1.0 nm 改成 1.2 nm，画面正常了。
平衡没跑够
第一次 NVT、NPT 各跑 100 ps 就急着上生产模拟，结果能量和密度都没收敛，RMSD 跟心电图似的。后来老实各跑 1 ns，曲线才稳下来。
RMSD 曲线
生产模拟跑了 50 ns。对正经研究来说很短，但对我来说够了。
用 gmx rms 画出第一条曲线，前 10 ns 快速上升，然后平稳波动。我盯着屏幕看了好一会儿。
那条线其实不太好看。但它是真实跑出来的，是我熬了三个晚上的证据。
接下来想干的
- 学 PCA 和自由能面
- 分析氢键和疏水作用
- 把流程写成 Python 脚本，下次别再手敲命令了
精灵小姐路过：「你跑模拟的样子，像把盐当糖放了三次终于做出一道菜的人。」
……她说得对。但菜好歹做出来了。